突袭世界的大灾难“第二次冲击”后世界在废墟之上重建14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市本以为能见到父亲迎接的他却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火危急之下特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下并将其带往碇元渡所统领的NERV总部但迎接真嗣的却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗　　本已表示拒绝的真嗣看到重伤的替补驾驶员绫波丽后决定遵从父亲的命令就这样从未受过作战训练的真嗣准备驾驶EVA初号机迎战使徒　　世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动掌握一切答案的碇元渡却只是不动生色地观察仿佛一切早已写入剧本